南京市商业中等专业学校建有财经系、信息工程系、国际贸易系、旅游管理系、汽车服务系和国际教育学院5系1院。师资力量雄厚，拥有“国家级烹饪大师”、江苏省“六大人才高峰”高层次人才、江苏省“333”高层次人才、江苏省职业教育领军人才、江苏省特级教师、教授、市区学科带头人、市区优秀青年教师等名师团队近百人。学校的会计、烹饪、物流三个专业教师团队均为南京市“优秀教学团队”。拥有物流服务与管理、中餐烹饪、计算机网络技术三大“江苏省现代化专业群”，会计、烹饪、物流、电子商务、酒店、汽修、计算机网络技术七大“江苏省品牌专业”。烹饪、会计等一批“国家级实训基地”、“江苏省高水平现代化实训基地”。